لا نعرف كيف تمَّ إحضار بقايا القدِّيس يعقوب إلى الدير. ما نقرأه في سير القدِّيسين أنَّ المسيحيِّين كانوا يتبعون الشهداء إلى ساحة الشهادة، وكانوا إمَّا يدفعون الأموال ليحصلوا على الرفات أو يسرقونها أو يتبعونها إذا ما رُميت في البحر ليلتقطوها عن الشاطئ. ما حدث مع القديس يعقوب غير مذكور. ما نعرفه أنَّهم أتوا به ودفنوه في مكانٍ سرِّيّ في الدَّير. ولم يدوَّن أيُّ شيء. تمَّ تناقل الحديث شفهيًا بأنَّ الديرَ يحوي كنزًا مخفيًّا.

قبل إعادة إحياء الحياة الرَّهبانيَّة في الدير سنة 1994، حاول الكثيرون البحث عن الكنزِ باعتقادهم أنَّه من الذهب. وقد حفروا سائر أرجاء أرضيَّة كنيسة السيِّدة ما عدا مكان وحيد حيثُ حفظَ اللهُ شهداءه مصونين من أيدي الجهلة.

ولمَّا لم يجدوا شيئًا كانوا يعيدون البلاط بطريقة عشوائيَّة ممَّا جعل أرضيَّة الكنيسة متعرِّجة، منحنية وصعبة التنظيف. مع انتظام الخدم الليتورجيَّة وبسبب طولها، غدا الوقوف في الكنيسة متعبًا ممَّا تطلَّب إصلاح أرضيَّتها وهنا بتدبير إلهيٍّ تمَّ العثور على رفات شهداء دير حمطوره وبينهم القدِّيس يعقوب.

ففي الثالث من شهر تمّوز عام 2008، أثناء الحفر تمَّ العثور على هياكلَ عظميَّة مدفونة في أرض الكنيسة في مكان غير مألوف. تمَّ العمل بدقَّةٍ متناهية ترافقه الصَّلاة، وتبيَّنَ أنَّ هناك أربعة هياكل عظميَّة اثنين في القسم الأماميّ من الكنيسة وطفلٌ يتقدَّمهم واثنين في القسم الخلفيّ. وقد أكَّد الطبيب أنَّ جزءًا من عظام الطفل موضوع في المائدة المقدَّسة.

أعلم الأب بندلايمون راعيَ الأبرشيَّة بالأمر، فطلبَ أن تجرى فحوصاتٌ طبِّيَّةٌ على العظام.

بعد تجهيز العظام تمّ تحديد وقت لاستقبال الرفات أوَّلاً في بلدة كوسبا للتبرُّك منها قبل نقلها إلى الدير. في البداية أبدى راعي الأبرشيَّة الرغبة في الحضور، لكنَّه تراجع فيما بعد خوفًا من النعرات الطائفيّة.

نقلت البقايا فيما بعد إلى دير السيِّده – حمطوره باحتفالٍ شعبيٍّ مهيب حضره لفيفٌ من كهنة الأبرشيَّة وأبرشيَّة طرابلس وزحله وعكار وكهنة من الأبرشيَّات السوريَّة. وعلى المحطَّة الأولى في كنيسة القديسين سرجيوس وباخوس في بلدة كوسبا توافدَ المؤمنون مدَّة ثلاث ساعات تقريبًا يقبِّلون الرفات ويتباركون بها.

جدير بالذكر أنَّنا في العادة الرَّهبانيَّة ندفن في التراب ثمَّ يتمُّ استخراج الرفات من الأرض بعد تحلُّلها ونغسلها قبل أن نودعها المدافن. فيما كان الأب بندلايمون يغسل رفات القدِّيسين المستخرَجة ظهرت بقع الدَّمِ على العظام كما فاحت رائحةُ الطيب، وهي إلى اليوم تبرز دائمًا خاصَّة من عظام القدّيس يعقوب والطِّفل الصغير.